سرطان‌ کودکی غالبا در سلول‌های بنیادی اتفاق می‌افتد. این سلول‌ها قادر به تولید انواع دیگر سلول‌های تخصصی مورد نیاز بدن هستند. تغییر یا جهش سلولی، معمولا عامل ایجاد سرطان در کودکان است.

انواع سرطان در کودکان، اغلب با انواع سرطان در بزرگسالان متفاوت است. همچنین، معمولاً علت وقوع سرطان در کودکان، بر خلاف بزرگسالان، ارتباطی با سبک زندگی و عوامل محیطی ندارد.